         LAMMPS分子動力學(xué)模擬培訓(xùn)

LAMMPS基礎(chǔ)

1. 課程1 分子動力學(xué)模擬入門理論

2. lammps的in文件中各命令的意義

3. 1.1 系綜理論

4. 1.2 主要算法介紹

5. 1.3 積分步長的選取

6. 1.4 溫度和壓力控制

7. 1.5 周期性邊界條件

8. 1.6 分子動力學(xué)模擬流程

LAMMPS入門學(xué)習(xí)

1. 課程2 LAMMPS入門操作基礎(chǔ)

2. 2.1 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握LAMMPS所用的Linux命令

3. 2.2 LAMMPS中一些安裝包的介紹——為以后創(chuàng)建自己體系進(jìn)行選擇性安裝

4. 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版編譯安裝——學(xué)會編譯方法，針對自己體系編譯軟件。 認(rèn)識makefile文件。

5. 2.4 LAMMPS的in文件結(jié)構(gòu)格式及常用命令講解、data文件格式。

6. 2.5 LAMMPS實例講解。

實例操作：編譯安裝自己的LAMMPS可執(zhí)行程序

LAMMPS進(jìn)階學(xué)習(xí)

1. 課程3 LAMMPS各種參數(shù)計算

2. 3.1 in文件基本語法。

3. 3.2 顆粒模擬。

4. 3.3 可視化快照。

5. 3.4 彈性常數(shù)模擬解。

6. 3.5 計算熱導(dǎo)率。

7. 3.6 計算粘度。

8. 3.7 計算均方位移。

9. 3.8 計算徑向分布函數(shù)。

10. 3.9 計算擴散系數(shù)。

11. 3.10 計算能量數(shù)據(jù)。

12. 3.11 Lammps常見錯誤解決途徑。

實例操作：學(xué)員結(jié)合自己的科研方向，選擇運行契合自己研究方向的例子

LAMMPS的建模

1. 課程4 LAMMPS建?！莆栈静僮髁鞒蹋ㄒ唬?/p>

2. 4.1 lattice命令語法學(xué)習(xí)及建模實操

3. 4.2 Packmol建模語法學(xué)習(xí)及案例實操。

4. 4.3 Material Studio建模學(xué)習(xí)及案例實操

5. 4.4 VMD建模學(xué)習(xí)及案例實操

實例操作：指導(dǎo)實現(xiàn)上述環(huán)節(jié)的每個模型操作過程，并轉(zhuǎn)換成lammps的data文件

1. 課程4 LAMMPS建?！莆栈静僮髁鞒蹋ǘ?/p>

2. 4.3 Material Studio建模學(xué)習(xí)及案例實操

3. 4.4 VMD建模學(xué)習(xí)及案例實操

實例操作：指導(dǎo)實現(xiàn)上述環(huán)節(jié)的每個模型操作過程，并轉(zhuǎn)換成lammps的data文件

從examples的簡單例子，到完成自己的科研課題

1. 課程5 通過examples中的例子，理解要模擬對象的物理意義。

2. 5.1 運行examples\flow 兩個例子并做可視化處理

練習(xí)與思考：

3. 5.1.1 把二維couette流動擴展成三維，并輸出流體的速度和密度分布

4. 5.1.2 把二維poiseuille流動擴展成三維，并輸出流體的速度和密度分布

5. 5.1.3 建立三維管道內(nèi)的poiseuille流動

6. 5.1.4 進(jìn)行石墨烯通道內(nèi)的Couette流動和Poiseuille流動模擬

7. 5.1.5 調(diào)節(jié)通道表面電荷性質(zhì)、親疏水性質(zhì)，分析其對流動性質(zhì)的影響

8. 5.1.6 模擬體系中水更改為KCl溶液

9. 5.2 運行examples\shear 到石墨烯/鋁的力學(xué)性質(zhì)模擬

10. 5.3 運行examples\friction 到金屬/合金的摩擦模擬

夾層結(jié)構(gòu)(graphene/C60/graphene)
摩擦性質(zhì)模擬（AIREBO力場）

1. 課程6 夾層結(jié)構(gòu)(graphene/C60/graphene)不同粗糙度條件下的摩擦性能研究

2. 模擬過程

3. 6.1 建立夾層結(jié)構(gòu)(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型

4. 6.2 夾層結(jié)構(gòu)的應(yīng)力-應(yīng)變曲線性能研究

5. 6.3 夾層結(jié)構(gòu)摩擦性質(zhì)研究

環(huán)氧樹脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力場)

1. 課程7 環(huán)氧樹脂在二氧化硅表面吸附吸能的影響

2. 模擬過程

3. 7.1 建立模擬體系的初始模型

4. 7.2 運行能量小化及體系的預(yù)松弛

5. 7.3 壓縮盒子達(dá)到指定的密度 （針對不同研究體系掌握壓縮方法的不同，并掌握判斷方法和依據(jù)）

6. 7.4 模擬步驟：包括能量小化-NVT平衡-NPT平衡-對研究目標(biāo)的 性質(zhì)進(jìn)行長時間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。

7. 7.5 查看動態(tài)軌跡和特殊幀的圖片顯示 (采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學(xué)會用tcl腳本控制輸出)

8. 7.6 數(shù)據(jù)分析 （origin軟件的使用）

9. 7.6.1 MSD分析

10. 7.6.2 計算RDF

11. 7.6.3 計算密度分布